《叛逆者》的结局是：上海解放了，林楠笙和朱怡贞相逢。一九三六年，二十多岁的复兴社干部培训班学生林楠笙，被复兴社特务处上海市区长陈默群带往上海。陈默群从叛徒那边了解了1个上海地下组织的联络地点，剖析出沪江大学的学生朱怡贞便是中共上海市委的联络人。陈默群要林楠笙靠近朱怡贞，借助她从而打进地下党里面。
在进行活动的环节中，刚直纯粹的林楠笙持续被顾慎言、纪中原、朱怡贞等共产党人无私无畏的责任感和无畏的牺牲精神打动，对国民党里面的乱象和社会现实拥有深入思考。林楠笙在对日伪的争斗中英勇果毅，屡立军功，在事关民族利益面前，数次和共产党人站到一块儿。历经近年来的认识和选择，抗日战争获胜前夜，林楠笙发展为一位真实的共产党人，并在下面的解放战争中，运用他在军统的特殊身份，在许多紧要关头，给地下党很多的协助，为新中国的创立做出了主要贡献。
结局中，上海解放没多久，林楠笙也需要离开斜塘镇，起程赶往华东局报到。临走之前想起朱怡贞，他再也克制不住痛哭。待林楠笙平复心情，梳理好衣着朝外头走去，突然听见后面传来熟悉的声音，回头看过去，从吃惊到兴奋，再到泣不成声。林楠笙和朱怡贞相逢。
