《心跳源计划》周小山结局是与查叔同归于尽。结局中，周小山都还没来得及动手，秦斌就带上警察赶到了，秦斌从查叔的手上抢走了裘佳宁，周小山借机劫持了查叔，威胁警察退出去。
周小山在信中说自身现已将托克斯公司和查叔串通的证明发至裘佳宁的邮箱了，这也是他仅有能为裘佳宁和源计划及其这一国家做的最终一点儿事儿了。周小山早已决定了自身的结局，说他走的时候还能带着裘佳宁的爱，这就是完满的结局了。
裘佳宁读完周小山的信，最终情不自禁的放声大哭起来。3个月后，托克斯公司发出声明，说盗窃配方的事儿是哈利个人行为，警察已经调查。在源计划的公布仪式上，裘佳宁身为项目关键的科研代表，向全球公布源计划领先于全球水平，而且他们将对托克斯公司提出诉讼。裘佳宁想大家讲解了源计划项目的科技人员，王老、孙磊、苏茜、笑笑、李纯然、章宇、童沫，还有现已到了天堂的周小山。裘佳宁看见图片上的周小山仍然笑的温暖，好像在对裘佳宁说，她肯定可以的。
