《萌探探探案》中《庆余年》是第3期。这一期节目中，嘉宾张若昀、李沁、贾景晖、刘端端、张恒瑞加入萌探团，必须在逐层困难下，查明二皇子疑案，成功找出隐藏在庆国和北齐后面的秘密。
结束了上一个IP时空的任务和挑战后，萌探家族接受了来自《庆余年》的新任务，近年来南庆的二皇子忽然武功暴增，变成了监察院新的统领，获得“皇帝”器重，有希望继承大统。在这1期中二皇子为首举行宴席，多方贵客赶到南庆，7位萌探也各自组成不同阵营，化身成原剧里人物前去庆国皇宫查明真相，歌舞升平的皇宫宴席，表面上君臣开怀畅饮其实暗潮涌动。推杯换盏间，刚立下战功的庆国二皇子不幸离奇被害。每位萌探各怀心思，依据多方面的信息开始为庆国二皇子之案进行调查，前有郭宝坤和禁军的紧追不舍，后有北齐九段大神程巨树的追捕，萌探们各显身手乔装打扮想办法得到线索和情报。逐层困难下，他们必须查明二皇子被害的疑案，并成功找出隐藏在庆国和北齐后面的惊天秘密，破解谜团。
